Das Naturkundemuseum Bamberg ist eines der ältesten Museen Deutschlands und wurde im Rahmen des Bamberger Jesuitenkollegs gegründet.

Seine Wurzeln gehen auf Fürstbischof Franz von Erthal zurück. Dieser beschloss im Jahr 1791 ein sogenanntes Naturalienkabinett zu errichten. Es sollte der Erforschung, Sammlung, Erfassung und Katalogisierung von biologischen und geologischen Objekten des Hochstifts Bamberg dienen. Noch heute befindet es sich in den ehemaligen Räumen des Jesuitenkollegs in der Inselstadt. Nach der Aufhebung der Jesuitenschule wurde das Naturalienkabinett 1803 neu gegründet. Die Leitung hierfür hatte Dionysius Lindner(1762-1838) inne. Im Jahr 1822 fügte er dem Museum die pomologischen Bestände von Kloster Banz, sowie zahlreiche Exponate des Herrn Julius von Mintoli hinzu. Dieser hatte auf seinen vielen Auslandsreisen viele exotische Andenken gesammelt.

Glanzstück des Naturkundemuseums ist der Vogelsaal. Dieser ist ein musealer Schauraum aus dem 19. Jahrhundert und diente ursprünglich als Lehrsaal für Professoren und Studenten. Noch heute ist der Saal nahezu in seinem damaligen Urzustand erhalten. Zurückzuführen ist dies vermutlich auf Lindner, welcher sich vor allem für den Erhalt seiner seit 1790 eigenhändig aufgebaut obstkundlichen  Sammlung  interessierte. Erst im Jahr 1970 wurde der Vogelsaal saniert, wobei man unter anderem die Rahmen der Vitrinen neu strich. 2010 gab man den alten Vitrinen schließlich ihre ursprünglichen Farben zurück, außen weiß innen blau.

Heute ist das Museum Eigentum der Lyzeumsstiftung Bamberg und ein Teil der Staatlichen Naturwissenschaftlichen Sammlungen Bayerns. Die Sammlung im heutigen Naturkundemuseum umfasst über 200.000 Objekte. Diese entstammen unter anderem der Geologie, Mineralogie, Paläontologie, Zoologie und der Botanik. Besonders zu erwähnen sind die Sammlungen von exotischen Vögeln, Ammoniten, Insekten und die vielen Wachsmodelle einheimischer Obstsorten, von denen viele heute leider ausgestorben sind.

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