Das heutige Karmelitenkloster St. Theodor war früher ein Kloster der Zisterzienserinnen und hieß St. Maria et St. Theodor. Es wurde bis 1553 als Kloster genutzt, dann von 1589 bis 1802 und seit 1902 wieder bis heute.

Einer Legende zu Folge soll der erste Bischof von Bamberg Eberhard I auf der Erderhebung gegenüber des Bamberger Doms ein Hospital für Kranke und Arme errichtet haben. Es soll dem heiligen Theodor geweiht gewesen sein und im Jahre 1030 gebaut worden sein. Im Jahre 1157 ließ dann Eberhard II von Bamberg in diesem Bereich das Frauenkloster St. Maria und St. Theodor bauen. Geholfen hatten ihm dabei die Pfalzgräfin Gertrud und die Schwester des Königs Konrad III.

Das Kloster wurde gegründet, weil der Ehemann von der Pfalzgräfin Gertrud, Hermann von Höchstadt-Stahleck im Jahre 1156 zum Hundetragen verurteilt wurde. Dabei ging es darum einen Hund von einem Gau zum anderen zu tragen und war als symbolische Strafe unter Adeligen üblich. Nachdem er seine Strafe abgeleistet hatte, verließ er Frau und Kinder und zog als Mönch ins Zisterzienserkloster in Ebrach ein. In Folge dessen trat auch seine Frau in ein Kloster ein, nämlich ins Wechterswinkel Frauenkloster in Unterfranken.

Als ihr Mann gestorben war, stiftete sie die Grundstücke ihres Mannes und veranlasste den Bau des Frauenklosters St. Theodor in Bamberg. Bei der Fertigstellung zog sie mit anderen adeligen Nonnen in dieses Kloster ein. Anfangs lebten die Theodorusen nach den Regeln der Zisterzienser, später folgten sie den Regeln der Benedektinerinnen.

Im Bauernkrieg von 1525 wurde das Kloster bestohen und 1554 sogar aufgelöst. Erst im Jahre 1589 zogen die Karmeliten in das leer stehende Kloster. Vorher waren sie im Kloster in der Au ansässig gewesen. Damals erlangte das Karmelitenkloster an Berühmtheit aufgrund seiner Bibliothek. Im Jahre 1593 wurde dafür extra ein Anbau getätigt. Später wurde die Bibliothek neu gestaltet.

Im 18. Jahrhundert wurde die Klosterkirche von Leonhard Dientzenhofer im Barockstil umgebaut. Die Kirche wurde damals „umgedreht“. Der Altar wanderte von der Ost- zur Westseite. Mit den Arbeiten von Dientzenhofer wurde das Kloster zu einem der bedeutensten Kunstwerke des Barocks in Bamberg.

Infolge der Säkularisation wurde das Kloster aufgelöst. Alle Säulen des Westflügels wurden abgerissen und durch Mauern mit Fenstern ersetzt. Die Inneneinrichtung wurde versteigert,  Einrichtungsgegenstände wurden auf andere Kirchen verteilt. Die Gebäude des Klosters wurden in der Zeit ohne Klosterbetrieb als Lazarett, Schulhaus und sogar als Kaserne genutzt. Im Jahre 1902 konnte das Kloster von Karmeliten aus Straubing erworben werden. Seit 1946 leiten die Karmeliten das Theresianum mit Gymnasium, Kolleg und Seminar.

Nachdem die Karmeliten das Kloster zurückgekauft hatten, konnten sie lediglich einen Nebenaltar (Josephaltar) und die Kanzel aus damaliger Zeit zurückerwerben. Alle anderen Inneneinrichtungsgegenstände wurden von Alois Ehrlich anhand von damaligen Plänen nachgeschnitzt und von Bildhauer Friedrich Koller erschaffen.

Einen Besuch wert ist das Kloster schon allein aufgrund seines Kreuzgangs. Die romanischen Säulen und Bögen wurden erst im 14. Jahrhundert gefertigt. Doch diese machen heute den Charme des Kreuzgangs aus. Bewundern können Sie zudem den zahlreichen Kapitell-Schmuck, der häufig sehr mystische Bildinhalte hat.

Der Kreuzgang hat eine Größe von 25 auf 35 Meter. Er hat Säulenbasen mit Ecksporen. Man orientierte sich damals wohl bewusst an romanischen Baustilen, damit der Kreuzgang ein ehrwürdiges Aussehen erhielt.

Nachdem das Kloster aufgelöst wurde und zu einer Kaserne umgebaut wurde, verlor es seinen westlichen Flügel und seine Arkaden. Diese wurden vermauert.

Manche dieser Säulen und Kapitelle wurden in Gärten aufgestellt, andere gelangten in Privatbesitz oder ins Nationalmuseum von Bayern in München.

Im Jahre 1980 wurde das Kloster aufgrund von Feuervorschriften umgebaut. Die bis dahin bestehenden Verblendungen wurden entnommen und durch neue Säulen ersetzt. So wurde die Einheit des Kreuzgangs wieder vollends hergestellt. Auch manche Kapitelle, aus dem Museum in München fanden als Dauerleihgabe zurück zum Karmelitenkloster.